खडसे हे महाराष्ट्राचे महसूल मंत्री, कृषी मंत्री, राज्य उत्पादनशुल्क मंत्री बनले. २०१४ ते २०१६ या काळात एकनाथ खडसे १२ खात्यांचे मंत्री होते. २०१६ मद्धे खडसेंवर भ्रष्टाचाराचे आरोप झाल्यामुळे त्यांना राजीनामा द्यावा लागला. २०१९ च्या महाराष्ट्र विधानसभा निवडणुकीसाठी भारतीय जनता पक्षाकडून त्यांना उमेदवारी नाकारण्यात आली.